イネゲノム解読国際コンソーシアムがIRGSP Releases Build 5.0 を公開
私たちはジャポニカイネ品種 日本晴の12本の染色体の最新ゲノム配列を公開しました。この染色体配列は最新の物理地図上のPAC/BACクローンの順番に配列を重複部分で結合して作成しました。重複配列は削除され、物理地図上のギャップには想定される長さのNが挿入されました。本ゲノム配列は2008年6月26日のデータに基づいて作成されています。新しいアセンブリーには各染色体毎のテロメアと配列の境界部分が新たに7カ所(全部で14カ所)加わっています。加えて第5染色体のセントロメア領域の2つのクローンの精度が向上しました。さらに第11染色体の1つのギャップが埋まりました。
1つ前のバージョンの染色体配列(IRGSP Build 4)は2005年8月に公開され、ゲノムの構造と機能に関する種々の解析の共通配列として利用されてきました。またこの配列はイネアノテーション会議 (RAP2-RAP5) の基準としても使用されてきました。
今回公開されたBuild 5.0は現在ウエブサイトからのみ公開されていますが必要な手続きを経て公的データベースに登録されます。今回のゲノム配列も近日中にRAPアノテーションデータ(RAP-DB)の更新に利用されます。
私たちは本Build 5.0配列がイネゲノムの標準配列として、さらにイネゲノム研究のreference sequenceとして研究コミュニティにおいて活用されることを期待しています。
| chromosome no. link to clone table | total length | clone no. | physical contig no. | contig length (base) | physical gap no. | fasta file download |
|---|---|---|---|---|---|---|
| chromosome1 | 45,038,604bp | 392 | 7 | 43,248,604 | 6 | chr01.fasta.gz (13.4Mb) |
| chromosome2 | 36,792,247bp | 359 | 5 | 35,932,247 | 4 | chr02.fasta.gz (11.1Mb) |
| chromosome3 | 37,312,367bp | 329 | 6 | 36,372,367 | 5 | chr03.fasta.gz (11.3Mb) |
| chromosome4 | 36,060,865bp | 295 | 6 | 35,520,865 | 5 | chr04.fasta.gz (10.0Mb) |
| chromosome5 | 30,073,438bp | 286 | 5 | 29,953,438 | 4 | chr05.fasta.gz (9.2Mb) |
| chromosome6 | 32,124,789bp | 281 | 3 | 31,244,789 | 2 | chr06.fasta.gz (9.6Mb) |
| chromosome7 | 30,357,780bp | 290 | 3 | 29,727,780 | 2 | chr07.fasta.gz (9.1Mb) |
| chromosome8 | 28,530,027bp | 278 | 2 | 28,440,027 | 1 | chr08.fasta.gz (8.7Mb) |
| chromosome9 | 23,895,721bp | 223 | 6 | 23,005,721 | 5 | chr09.fasta.gz (7.0Mb) |
| chromosome10 | 23,703,430bp | 203 | 7 | 22,943,430 | 6 | chr10.fasta.gz (7.1Mb) |
| chromosome11 | 31,219,694bp | 258 | 6 | 28,919,694 | 5 | chr11.fasta.gz (8.9Mb) |
| chromosome12 | 27,679,166bp | 269 | 2 | 27,529,166 | 1 | chr12.fasta.gz (8.4Mb) |
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