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Rice - Oryza sativa
GBrowse - Map View

Build 04

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メンテナンス

WhoGAはメンテナンスの為、下記の日程で停止します。

2011-11-7(Mon)
8:00 - 15:00. JST

WhoGA(Rice) とは

　イネゲノム研究チームでは、日本型イネ「日本晴」全塩基配列解析の配列 Build04 を利用し、全染色体のマニュアルアノテーションを行いました。WhoGA ではこれらアノテーション結果を簡単に閲覧する事が出来ます。また予測遺伝子以外にも、「 full length cDNA は存在しているが遺伝子が組めない偽遺伝子」、「既知遺伝子と有意な相同性を示しながらも遺伝子が組めない領域」、「一つの予測プログラムでしか支持されていない ORF」、も同時に表示する為、他の領域での遺伝子存在の余地を検討出来ることと思います。それら以外にもアノテーションに利用した有用データが簡単に閲覧出来る様になっています。
　アノテーション結果は全て pseudomolecule Build04 上に位置付けしていますので、興味ある領域にアクセスしてみてください。また、興味ある領域の RFLP marker が分っているならば、そのマーカーで検索するのもいいでしょう。

WhoGA について RGPアノテーションについて WhoGA の使い方について詳しく知りたければチュートリアルへ。
アノテーション手法に関しては RGPアノテーションについてへ。
アノテーション結果の数値的な情報が知りたければ、データコレクションへ。
GBrowse 自体に興味がある方は GMODのページへ。
いってみて下さい。

enjoy WhoGA!!