| 5.1 | 位置情報 |
| 位置情報を示します。
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| 5.2 | BAC |
| アノテーションに使用した BAC / PAC の地図上の位置を青いボックスで示します。ボックスをクリックすると、位置情報、長さ、NCBI の当該クローンへのリンクが表われます。
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| 5.3 | Predicted Genes. |
| 我々のアノテーションの結果予測された遺伝子等が表示されます。拡張子
の有無によってタイプが分れますので、以下の説明を参考にしてくださ
い。詳しくは[About RGP Annotationの3. 遺伝子機能予測]以降を参考に
してください。
- 拡張子なし => 予測遺伝子。IRGSP基準に基き、予測プログラム2つ以上で支持されているか、それ以上に有意であると判断されているもの。
- .spp => 一つの予測プログラムからの予測。予測遺伝子としては採用してい ない。
- .nc => 完全長 cDNA にて遺伝子の存在が示唆されたものの、遺伝子を組む事が出来なかった領域。
- .pseudo => 終止コドンやフレームシフトが原因で、遺伝子が機能していないと思われる領域。
ボックスをクリックすると、位置情報、領域、NCBI への hit した完全長 cDNA のリンク等が表われます。
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| 5.4 | NR hits |
| 既知遺伝子が相同性を示した領域を表示。ラインをクリックすると当該領域の上位数個の情報が表われます。NCBI へのリンクもありますので行ってみてください。なお、既知遺伝子は、「アノテーション時点」の物を表示しております。現行のデータベースを直接反映したものではありません。
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| 5.5 | full length cDNA |
| 「アノテーションに使用した」完全長 cDNA を表示します。
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| 5.6 | ESTs |
| 「アノテーションに使用した」EST marker を表示します。
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| 5.7 | Rice RFLP marker |
| 「アノテーションと無関係に」当該領域に位置付けられた RFLP marker を表示します。位置情報認識の指標としてご利用ください。
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